Direction Générale :
Elle coordonne les activités globales de l’ANAQ-Sup et veille à la mise en œuvre des décisions du Conseil d’Administration, avec le soutien d’un Assistant Administratif et des services juridiques, communication et informatique.

Conseil Scientifique et Conseil d’Administration :
Ces instances jouent un rôle clé dans les orientations stratégiques et la supervision des activités de l’ANAQ-Sup, garantissant la cohérence et l’efficacité de ses actions.

Direction des Affaires Administratives, du Personnel et de la Comptabilité (DAAPC) :
Responsable de la gestion des ressources humaines et des finances de l’ANAQ-Sup, cette direction assure l’administration du personnel et le suivi des processus comptables et financiers.

Direction des Normes Pédagogiques, de la Planification et du Suivi des Programmes (DNPS) :
Chargée de l’élaboration des normes pédagogiques, elle coordonne la planification et le suivi des recommandations formulées aux établissements d’enseignement supérieur.

Direction des Évaluations et Accréditations (DEA) :
Cette direction évalue la qualité des formations et procède à l’accréditation des établissements d’enseignement supérieur. Elle comprend plusieurs divisions spécialisées dans l’évaluation institutionnelle, des offres de formation, et des activités de recherche.